舞台は西暦2059年。ゼントラーディとの星間戦争で滅亡の危機に瀕した人類は、 新天地を求めて地球から旅立っていった。
数えて25番目となる超長距離移民船団マクロス・フロンティア。
1000万人の市民が暮らす「フロンティア」船団に、銀河ネットワークのヒットチャートで常に上位にランクインするトップ・シンガーの「シェリル・ノーム」がコンサートのため来艦した。
そんなシェリルに憧れる、ごく普通の女子高生「ランカ・リー」はシェリルのコンサートへ向かう途中、美星学園のパイロット候補生「早乙女アルト」と出会う。
ありふれた学校生活中の偶然の出会い・・・。
ところがそこへ、未知なる敵バジュラが襲来した――
果たして人類は、そしてアルト、ランカ、シェリルの三人は生き残ることができるのか？