舞台は西暦2059年。
ゼントラーディとの星間戦争で滅亡の危機に瀕した人類は、新天地を求めて地球から旅立っていった。第25次超長距離移民船団マクロス・フロンティアにある、中華飯店「娘娘」でアルバイトをしていた少女・ランカは、銀河ネットワークのヒットチャートで常に上位にランクインするトップ・シンガーのシェリルが、コンサートのためにフロンティアに来艦したことに喜ぶ。ランカはシェリルのコンサートへ向かう途中、美星学園のパイロット養成コースに通うアルトと出会う。ところがそこへ、未知なる敵バジュラが襲来し――。
シェリルがアルトと知り合ったことで発生する、アルト、ランカ、シェリルの奇妙な三角関係。アイドルを目指すランカの葛藤。そして、彼女の持つ歌と出生に関する重大な秘密。果たして人類は、そしてアルトたちは生き残ることができるのか――。